Balai Taman Nasional Kepulauan Seribu telah melakukan kerja sama/kemitraan dengan berbagai pihak. Bentuk kerja sama/kemitraan yang ada hingga saat ini adalah kerja sama penguatan fungsi kawasan konservasi serta konservasi keanekaragaman hayati. Kerja sama/kemitraan ini diwadahi dalam Perjanjian Kerja Sama (PKS). Mitra kerja sama penguatan fungsi kawasan konservasi serta konservasi keanekaragaman hayati Balai TN Kepulauan Seribu selama ini sebagai berikut :
1. PT. Astra Daihatsu Motor
Kerja sama dengan PT. Astra Daihatsu Motor berlangsung pada tahun 2018 – 2021. Ruang lingkup kerja sama ini sebagaimana tertuang dalam Perjanjian Kerja Sama nomor:
PKS.358/T.13/TU/5/2018 dan 001/CSR-ADM/PKS/05/2018 yaitu:
a. Mendukung tersedianya sarana prasarana pelestarian penyu
b. Mendukung terlaksananya kegiatan pelestarian penyu.
2. PT. Nusantara Regas
Kerja sama dengan PT. Nusantara Regas berlangsung untuk periode 2019 – 2024. Ruang lingkup kerja sama ini sebagaimana tertuang dalam Perjanjian Kerja Sama nomor:
PKS.938/T.13/TU/HMS/09/2019 dan 0263/JSI-SL/XII/2021 yaitu:
a. Pelestarian Flora dan Fauna
b. Pemulihan ekosistem
c. Pemberdayaan masyarakat
d. Pengembangan ekowisata
3. Yayasan Jaringan Satwa Indonesia
Kerja sama dengan Yayasan Jaringan Satwa Indonesia dalam hal Penguatan Fungsi Konservasi Keanekaragaman Hayati melalui Dukungan Program Penyelamatan dan Elang Air Lainnya serta Kegiatan Konservasi Pendukung di Pulau Kotok Besar Bagian Timur, Kepulauan Seribu berlangsung untuk periode 2-21-2025.
Ruang lingkup kerja sama ini sebagaimana tertuang dalam Perjanjian Kerja Sama nomor:
PKS.1456/T.13/TU/KUM.3/12/2021 dan 0263/JSI-SL/XII/2021 yaitu:
a. Kegiatan Penyelamatan
– Prakondisi di perairan sebelum penyelamatan
– Pelepasliaran (release)
– Pemantauan paska pelepasliaran
b. Kegiatan Pendukung
– Pengkayaan jenis karang
– Survey populasi elang bondol dan elang air lainnya
– Edukasi konservasi elang bondol dan elang air lainnya
