Zonasi Taman Nasional Kepulauan Seribu disusun berdasarkan data potensi sumberdaya alam penting, tingkat interaksi masyarakat setempat terhadap kawasan dan kepentingan pengelolaan. Zona pengelolaan Taman Nasional Kepulauan Seribu berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Konservasi Sumber Daya Alam dan Ekosistem nomor: SK.386/KSDAE/SET/KSA.0/9/2016 terbagi menjadi 4 (empat) zona yaitu Zona Inti, Zona Perlindungan Bahari, Zona Pemanfaatan I dan Zona Pemanfaatan II.
Zona inti dengan luas 4.407,73 hektar (4.1%) merupakan bagian kawasan taman nasional yang mutlak dilindungi dan tidak diperbolehkan adanya perubahan apapun oleh aktivitas manusia. Zona Perlindungan Bahari dengan luas 26.440,15 hektar (25.0%) merupakan bagian dari taman nasional untuk perlindungan jenis tumbuhan, satwa dan ekosistem serta sistem penyangga kehidupan yang mendukung kepentingan pelestarian di Zona Inti maupun Zona Pemanfaatan. Zona Pemanfaatan I seluas 59.440,15 hektar (55,3%) adalah bagian kawasan taman nasional yang karena letak, kondisi dan potensi alamnya terutama diamanfaatkan sebagai pusat pariwisata alam dan pemanfaatan kondisi lingkungan lainnya. Zona Pemanfaatan II seluas 16.818,38 hektar (15.6%) adalah bagian kawasan taman nasional yang selain diperuntukan untuk pemanfaatan jasa lingkungan dan wisata alam.
