Berdasarkan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Republik Indonesia nomor 17 Tahun 2022 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Direktorat Jenderal Konservasi Sumber Daya Alam dan Ekosistem, Balai Taman Nasional Kepulauan Seribu termasuk UPT Taman Nasional kelas II tipe A.
Struktur organisasi Balai TN Kepulauan Seribu sebagaimana bagan di bawah ini: